インボイス制度、免税事業者は登録すべき？判断基準をわかりやすく解説

「インボイスって登録しないといけないの？」「登録しなかったらどうなるの？」

フリーランスや個人事業主の方から、こんなご相談を多く受けます。インボイス制度は2023年10月に始まりましたが、今も「どうすればいいかわからない」という方が少なくありません。

さらに2026年10月から制度の経過措置が変わるため、今が見直しのタイミングです。この記事では、免税事業者がインボイスに登録すべきかどうか、判断基準をわかりやすく解説します。

インボイス制度とは？

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は、消費税の計算に必要な適格請求書（インボイス）を発行・保存するための制度です。

取引の買い手側（仕入れる側）は、売り手が発行したインボイスがなければ、消費税の計算で「仕入税額控除」を受けることができません。つまり、インボイスを発行できない事業者と取引すると、買い手側の税負担が増えるという仕組みです。

インボイスを発行できるのは、税務署に登録した適格請求書発行事業者のみです。

免税事業者とは、前々年の課税売上が1,000万円以下の事業者で、消費税の納税が免除されている事業者のことです。フリーランスや開業初期の個人事業主の多くが該当します。

免税事業者のままではインボイスを発行できないため、取引先の課税事業者に負担をかけることになります。

免税事業者のままでいると、取引先（課税事業者）に次のような影響が出ます。

特にB2B（企業向け）の取引が多い方は影響が大きくなります。一方、お客さまが個人（一般消費者）のみの場合は、インボイスがなくても相手の税負担には影響しないため、登録の必要性は低くなります。

インボイス制度には「経過措置」があり、免税事業者との取引でも一定割合の仕入税額控除が認められてきました。しかし、この割合が段階的に引き下げられます。

※2026年10月からは当初50%の予定でしたが、税制改正により70%に緩和されました。

経過措置が続いている間は取引先の負担も限定的ですが、段階的に控除率が下がるにつれて取引先への影響が大きくなります。2026年10月の変更を前に、改めて検討することをおすすめします。

状況によって判断が変わります。以下を参考にしてください。

【登録を検討すべき人】

【登録しなくてよい可能性が高い人】

インボイスに登録すると、免税事業者から課税事業者に切り替わり、消費税の申告・納付が必要になります。メリットと負担を天秤にかけて判断しましょう。

なお、2023年10月1日〜2026年9月30日を含む課税期間までは「2割特例」（売上の消費税額の2割を納めるだけでよい特例）が適用できます。この特例が終了する前に登録を検討している方は早めの対応がおすすめです。

※2026年度税制改正により、個人事業主向けに「3割特例」が新設されました。詳しくはこちらの記事で解説しています。

手続きは国税庁の「e-Tax」またはインボイス登録センターへの郵送で行えます。

免税事業者がインボイスに登録すべきかどうかは、取引先が誰かによって大きく変わります。

2026年10月から経過措置が変わり、取引先の税負担が増えていきます。「うちはどうすればいい？」と迷っている方は、お気軽にご相談ください。